Acorde con la línea transversal, esta área de trabajo busca generar procesos que contribuyan a promover la justicia y equidad entre hombres y mujeres, y la generación de cambios en las relaciones de poder al interior de la Fundación como organización de mujeres, con las instituciones aliadas y cooperantes, y en las poblaciones con las que trabaja. Dentro de la Fundación es considerada parte del enfoque diferencial y línea transversal, pero en sí misma constituye un área de trabajo particular que integra proyectos que promuevan la equidad de género.